L'isteroscopia è generalmente priva di rischi. La perforazione dell'utero è un evento estremamente raro nella pratica diagnostica; la perforazione dell’utero durante l’intervento di isteroscopia operativa è ugualmente una complicanza rara e, generalmente, di modesta rilevanza, che quasi mai richiede un intervento chirurgico; tuttavia il verificarsi di tale complicanza obbliga il chirurgo alla sospensione dell’atto operatorio, per cui la paziente dovrà successivamente ripetere l’intervento); se una perforazione uterina viene tempestivamente riconosciuta e generalmente sufficiente che il chirurgo sospenda l’intervento, che alla donna vengono somministrati farmaci per mantenere l’utero contratto, come dopo il parto, e che siano monitorate le sei ore successive le eventuali perdite ematiche e lo stato della paziente; solo raramente viene somministrato una dose di antibiotico.

Nelle donne che effettuano l’isteroscopia in regime “ambulatoriale”, senza supporto anestesiologico, molto raramente può verificarsi anche una reazione vagale che, causata dalla stimolazione del collo dell'utero durante la sua dilatazione, la qualcosa determina un temporaneo rallentamento del battito cardiaco e un abbassamento della pressione arteriosa, quasi sempre irrilevanti per una donna giovane, ma talora fonte di ulteriori complicazioni anche importanti per una donna anziana, o cardiopatica, od ipertesa, oppure affetto da problemi di circolazione sanguigna critica a livello cardiaco e cerebrale.