L'amniocentesi consiste nel prelievo di liquido amniotico effettuato mediante l'introduzione di un ago lungo e sottile nella cavità amniotica passando attraverso i tessuti addominali materni; una siringa aspira il liquido amniotico, con tutte le cellule fetali che esso contiene, ed è proprio questo lo scopo dell'esame, in modo da fornire cellule fetali che siano adatte per l'analisi genetica e lo studio dei cromosomi fetali.
L'amniocentesi eseguita dalla 16ª alla 18ª settimana rappresenta oggigiorno la metodica più frequentemente utilizzate nella diagnostica citogenetica prenatale, detta comunemente "analisi genetica fetale".
Il prelievo di liquido amniotico viene effettuato per via transaddominale.
La procedura all'inizio con la paziente distesa in posizione supina, la cute dell'addome abbondantemente scoperta, in modo che l'infermiera o se iniziare una scrupolosa disinfezione della cute della parete addominale mediante un disinfettante chirurgico, lo stesso che viene utilizzato in sala operatoria prima degli interventi che prevedono l'apertura dell'addome; questo per limitare al massimo le eventuali infezioni dovute a batteri presenti sulla pelle che potrebbero venire portati in cavità amniotica durante il passaggio dell'ago.
Viene effettuato un esame ecografico preliminare per confermare l'epoca gestazionale, il numero dei feti, la presenza e frequenza del battito cardiaco fetale, la quantità di liquido amniotico e la localizzazione placentare.
Tutta la procedura viene eseguita sotto controllo ecografico per diminuire i rischi di fallimento della procedura o di danni occasionali al feto che in questo modo sono rarissimi.
Una volta giunti in cavità si aspirano da 15 a 27 ml di liquido amniotico a seconda che si voglia ottenere unicamente la risposta classica, relativa alla dimostrazione dei 46 cromosomi, ed allora possono essere sufficienti 15 o 18 ml; sono invece necessarie circa 25-27 ml di liquido amniotico se si vuole effettuare anche la ricerca delle “microdelezioni", alla ricerca di un ulteriore gruppo di anomalie genetiche che sfuggono all'amniocentesi classica e che, peraltro, permettono pure di ottenere una risposta dal laboratorio entro 5 - 6 giorni a partire dalla data del prelievo. Il liquido amniotico prelevato viene inviato al laboratorio con le indicazioni del caso, tramite corriere espresso, in modo che giunga in laboratorio nel corso della stessa mattinata del prelievo. Nelle gravidanze gemellari, in presenza di due diversi sacchi amniotici, la procedura è sostanzialmente la stessa, anche se, per essere sicuri di non effettuare per due volte la puntura dello stesso sacco amniotico, una volta effettuato il primo prelievo, prima di ritirare l'ago, viene iniettata nella prima cavità una piccola quantità di "colorante vitale", in modo da essere assolutamente sicuri della correttezza del fatto che si ottenga con certezza un campione di liquido per ciascuno dei gemelli.
Il liquido amniotico è formato prevalentemente da urina fetale e viene, quindi, nuovamente reintegrato in tempi rapidi. L'esame dura circa da due a tre minuti perché l'aspirazione del liquido deve venire effettuata in modo lento e costante ed è di per sé praticamente indolore se eseguito da mani esperte, eccezione fatta per i tempi di passaggio della punta dell'ago attraverso i tessuti materni.
L'introduzione dell'ago avviene secondo la tecnica definita "ecoguidata", con la sonda e l’ago vincolati tra di essi in modo solidale tramite un apposito dispositivo "guida-ago"; questo permette di guidare la punta dell'ago e di condurla sotto controllo ecografico continuo fino al punto desiderato nel sacco amniotico. In tal modo non si hanno mai lesioni fetali dovute alla penetrazione dell'ago. Una volta che l'ago è giunto nella sede più idonea si preleva la quantità liquido amniotico necessaria.
Le cellule fetali contenute nel liquido (provenienti dalla desquamazione di vari tessuti fetali) sono poste in coltura e quindi analizzate dal citogenetista per ottenere la mappa cromosomica fetale. Il tempo medio per la risposta è di 18 - 22 giorni. Sul liquido amniotico viene inoltre dosata l'alfafetoproteina (AFP) il cui innalzamento pone il sospetto di malformazioni del sistema nervoso centrale, quali ad esempio la spina bifida (anche l’anencefalia, l’exonfalo, il teratoma sacro coccigeo, l’atresia esofagea, la gastroschisi, l’atresia duodenale, l’atresia delle vie biliari, il rene policistico, l’aplasia della cute… sono associati ad un aumento dei valori dell'alta-feto proteina del liquido amniotico), la cui diagnosi oggi, in taluni casi ecografica.
Il rischio di perdita fetale attribuite all'amniocentesi, se eseguita con tecnica adeguata e da operatore esperto, non supera lo 0.3%. Tale valore si somma al rischio di aborto spontaneo a 16 settimane quantizzabile nell'1%.
Altri rari rischi sono: il fallimento del prelievo (<0,5%), il fallimento della coltura (<0,5%), un risultato dubbio che richiedeva ulteriore accertamento citogenetica (<0.3%), anche se questo oggi rientra nel capitolo degli ulteriori approfondimenti.
Nella pratica della procedura io, personalmente, trovo più prudente assumere, dal giorno precedente l'esame, un blando tocolitico per ridurre l'eventuale insorgenza di contrazioni uterine, e, successivamente il prelievo, di rimanere a riposo a casa per 2-3 giorni. In presenza di febbre materna ed in alcuni particolari casi di minaccia di aborto ritengono che possa essere controindicato od altamente imprudente effettuare l'esame, ragion per cui il prelievo, a volte, viene rimandato di una settimana.
Nel caso di madre Rh negativa è opportuno eseguire dopo l'amniocentesi l'immunoprofilassi anti-D per prevenire la possibile formazione di anticorpi anti Rh.
L'amniocentesi può essere eseguita anche nelle gravidanze multiple, prelevando liquido dai diversi sacchi amniotici e quindi ottenendo il cariotipo di tutti i feti.   

Nota bene prima dell'amniocentesi è assolutamente necessario che la donna venga vista tramite visita ed ecografia in via preliminare circa una o due settimane prima dell'esame in modo che io possa avere l'assoluta certezza della situazione materne fetale, che si possono programmare gli esami necessari in vista dell'amniocentesi (generalmente richiedo: emocromo, gruppo sanguigno e fattore Rh, test epatite B, epatite C, test HIV, VDRL-TPHA, Toxo Test IgM ed IgG, Citomegaloviros IgM ed IgG, proteina C reattiva PCR), che possa consegnare con largo anticipo i necessari moduli per la raccolta del consenso informato e che possa dare all'assistita gli ultimi consigli e raccomandare alle ultime attenzioni prima di accedere all'esame, in modo da aumentare quanto più possibile non solo le possibilità di ottimale d'uscita dell'esame, ma anche di minimizzare i rischi infettivi e, quindi di perdita fetale.